Wenn in der Honda-Werkstatt man nicht zu einem befriedigendem Ergebnis kommt, empfehle ich den Besuch eines ADAC-Prüfzentrums in deiner Nähe, Grayscull .
Habe das mal bei einem Skoda Octavia (1999 bis 2003 gefahren) als letzten Ausweg gemacht, weil die Skoda-Werkstatt partout nix finden konnte / wollte. Damals war dann der Luftmassenmesser defekt.
Bei meinen beiden CR-V Vorgängern, das waren 2,2 Liter Diesel mit EZL 2005 (140 PS) und 2010 (150 PS), hatte ich auch ähnliche Probleme, die Motoren gingen ins Notprogramm. Im Grunde waren es doch nur Kleinigkeiten mit irgendwelchen Sensoren, in keinem Fall musste der komplette Lader getauscht werden. Bei meinem aktuellen (siehe Signatur) ist sowas bisher nicht vorgekommen; außer einer defekten Glühkerze war da nix.
Viel Glück bei der Fehlersuche.